علق المفكر القبطى المعروف مجدى خليل على صفحته الشخصية على أزمة دير الأنبا مكاريوس الريانى قائلا
لا اود أن ادخل في معارك دونكشوتية في وقت يتعرض مسيحى الشرق لموجة إبادة جديدة، كما أن مستوى المعارك انحدر إلى أستخدام الفاظ حادة ضد بطريرك الكنيسة القبطية لا تليق اطلاقا، ولكنى في الوقت نفسه لا امنع نفسى من التساؤل: هناك أديرة قبطية بها راهب واحد واعترف بها المجمع المقدس، فكيف يلغى الاعتراف بدير به 120 راهبا؟، ثم منذ متى كانت الرهبنة واختيار طريق النسك والتوحد تحتاج إلى اعتراف أو استئذان من الدولة أو خلافه حيث أنها كانت في صحراء قاحلة لا يسكنها أحد؟
ثم لماذا تدمر الدولة منطقة أثرية ومحمية طبيعية من آجل طريق محلى خاصة وأن هيئة الآثار معترضة بشدة على هذا الطريق؟، هل لا يمكن للمهندسين وجود طريقة لتفادى تدمير هذه الأثار وشق هذا الطريق المحلى في نفس الوقت؟…..على الدولة المصرية أن تحترم على الأقل هيئة من هيئاتها وهى المسئولة عن الأثار